克罗恩病的常用药有糖皮质激素、免疫制剂和生物治疗。对于经济条件比较好的患者，无禁忌症的患者，首先还是推荐使用生物制剂。生物制剂是目前认为治疗克罗恩病最有效的药物，但是也只有70%-80%的患者有效，其次可以选择糖皮质激素加免疫抑制剂治疗。糖皮质激素不能长期的应用，它主要是用于诱导疾病的缓解，之后需要应用免疫抑制剂来维持治疗。目前常用的治疗克罗恩病的免疫制剂，包括硫唑嘌呤、甲氨蝶呤和沙利度胺。