目前最常用的抗流感病毒的药物主要是奥司他韦，奥司他韦是一种神经氨酸酶抑制剂，能够特异性抑制甲型和乙型流行性感冒病毒的神经氨酸酶，从而抑制病毒释放，减少病毒的传播。一般来说建议在患者出现流感症状后48小时内服用，规律服用奥司他韦三天左右，高热、寒战、头痛、全身肌肉酸痛等症状，会明显减退或消失，但要注意此时不可停药，一定要按疗程连续服用五天，才能将流感彻底治愈。
目前已经上市的有口服磷酸奥司他韦胶囊和磷酸奥司他韦颗粒供大人和孩子使用，即可以用来治疗流感，也可以用来预防流感。此外抗流感病毒的药物还有扎那米韦、帕拉米韦，帕拉米韦是一种注射液，金刚烷胺和金刚乙胺有抗流感病毒的作用，现在因为效果不好以及耐药，所以应用比较少。