强迫症的药物治疗主要分为三个阶段，急性期的治疗至少要12个礼拜，起效往往需要3-6个月。临床上抗强迫症的药物主要是SSRI类的药物和氯米帕明，SSRI的药物包括氟西汀、氟伏沙明、舍曲林、帕罗西汀、西酞普兰。
对于疗效不佳的患者，可能会采用强化治疗，就是联合应用像氯硝西泮、利培酮、阿立哌唑等等。巩固期和维持期的治疗往往需要时间比较长，它主要的目的是降低患者的复发，一般持续1-2年的治疗，能够使患者复发的概率大大的低于没有维持治疗的患者。治疗效果不好的因素，比如早年发病、病程比较长、强迫观念和行为同时存在。