咳嗽首先是人的一种保护性反射，是指气道在受到外来刺激的时候，通过咳嗽而消除刺激的反应。发生于凌晨的咳嗽说明气道在凌晨，受到外来刺激，常见的病因一般就是以上呼吸道的感染，气道分泌物增多，可以引起这种咳嗽。
另外，比如空气干燥，会导致气管里的湿润度不够，气道的敏感性增高，也会引起咳嗽。再就是疾病，大部分常见的胃食管反流，仰卧位置的时候反流会增加，通过食道刺激气道引起咳嗽。还有一种就是鼻后滴漏综合征，仰卧位的时候，鼻腔里的分泌物流下去直接到咽喉部引起的咳嗽。
老年人如果凌晨咳嗽，要考虑是心衰，血流量增加引起的肺水肿，导致的咳嗽。如果咳嗽剧烈，影响到生活休息，建议及时就诊，明确病因，对症治疗。