扁桃体炎引起的发热，主要是由于细菌感染造成的。因为扁桃体本身存在6-20个左右的隐窝，当反复发作扁桃体炎时，隐窝内会有上皮坏死，细菌与炎症渗出物聚集，当身体受凉、受湿、全身衰弱、内分泌紊乱，生活和劳动环境不良的情况下，非常容易导致细菌的爆发而引起扁桃体发炎，引起发热的症状。
这个时候控制感染是最主要的，以青霉素类和头孢菌素类效果最佳。如果治疗超过3天症状没有得到完全改善，要更换抗生素，最好能够根据咽拭子的细菌培养和药敏试验，选择最敏感类的药物。
同时，酌情使用糖皮质激素，有利于控制感染和减轻水肿。当体温超过38.5℃时，要使用退热药物。对于发作较频繁的扁桃体炎导致的发热，手术切除是唯一的根治方法。