辅酶Q10在临床中常用于心肌炎和心肌病的患者，辅酶Q10可以进行氧自由基的清除，对心肌炎和心肌病患者的改善有很大的帮助，同时还会给心肌修复提供一定的原料，帮助心肌进行有效的改善。如果服用很高剂量的辅酶Q10，偶尔可见胃肠道反应，包括恶心、呕吐、腹泻等等，但是仅见于个案，在临床中非常少见。
辅酶Q10是安全性非常好的药物，即使很大剂量的服用，它的副作用也极少。除了文献报导和临床所见的消化道反应，还有一少部分患者会出现辅酶Q10的过敏。如果出现过敏的表现，就可见到浑身有皮疹、药疹、发红甚至瘙痒，当停药或减量之后症状就可以改善。