作为植物药，紫草没有太多的副作用和毒性。紫草本身是苦寒之品，不适合胃肠虚弱的人大量服用。如果病人出现大便的滑泄，也就是大便不成形、腹泻，这时有脾胃虚寒，这时紫草要慎服，因为会加重症状。
其他来说紫草的副作用并不大，紫草是活血、凉血剂，有清热解毒的作用，可以治疗发热，身上出现的斑疹、紫癜，治疗各种的血症，也治疗热结的便秘、丹毒、湿疹、疮疡。紫草是苦寒剂不易久服，症状改善即可停药。