治牙周炎的药，可以使用0.2%的氯己定含漱液、1%的过氧化氢溶液、西吡氯铵、氟化亚锡等，局部可以涂布碘伏、碘甘油、碘酚等，能够起到抑制菌群发展的作用。
另外，可以口服药物，包括咪唑类的药物，如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑，抗生素类的药物，包括四环素类，例如米诺环素、强力霉素，也可以使用青霉素类，也就是阿莫西林，也可以使用螺旋霉素、红霉素类的药物，这样二者相配合，可以有效的抑制牙周致病菌群，例如头孢加上甲硝唑，能够有效的抑制厌氧菌感染，也能够抑制伴放线放线杆菌、牙龈卟啉单胞菌等。