乙肝小三阳患者的治疗主要分为两部分：
第一部分是保肝治疗。保肝治疗适用于肝功转氨酶升高，这样的患者。转氨酶大于二倍以上，建议应用保肝药物。首选甘草酸制剂，如还原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰胆碱。
第二部分治疗是抗病毒治疗，乙肝小三阳的患者乙肝病毒DNA阳性＞10^4IU/ml，肝功出现异常，男性患者大于40岁，都建议进行抗病毒治疗。
乙肝抗病毒治疗首选两种药物：
1、干扰素类的药物，干扰素分为长效干扰素和短效干扰素。长效干扰素为一周一次应用，皮下注射。短效干扰素为隔日一次应用，皮下注射。
2、抗病毒药为口服的核苷类似物，目前首选替诺福韦或恩替卡韦。无论选择哪一种治疗，都建议去三甲医院规范的进行。