睡眠呼吸暂停综合征的病因，包括结构性的因素以及功能性的因素。结构性的因素包括鼻腔的鼻甲肥大、鼻中隔偏曲、腺样体肥大，以及扁桃体肥大，还有由于肥胖造成的咽腔狭窄，这些都是常见的一些结构性的因素。功能性的因素包括中枢神经系统的异常，以及由于神经内分泌异常造成的咽腔功能的异常，导致睡眠时出现咽腔的肌肉松弛以及塌陷的状态。