子宫内膜异位症的病因至今仍然没有明确，比较经典的说法异位内膜种植学说，它的意思是子宫内膜随月经血流或者因为手术到达身体的其它部位继续生长。临床上发现子宫内膜异位症的病人往往有家族聚集性，提示和遗传有一定的相关性。现在越来越多的证据提示，病人的自身免疫功能缺陷是引起子宫内膜异位症很重要的原因。