肠胃的功能紊乱治疗不重在药物上，而在于平时的饮食生活，只有通过精神调试和改变行为等方式，才能从根本上调整胃肠功能紊乱，传统治疗上应用饮食疗法、营养支持疗法、镇静安眠、缓痉止痛综合治疗为主。医生可根据病情对症使用谷维素、消化酶、维生素B1、胃达喜、吗丁啉等治疗。
对具有明显精神症状的患者，给予抗抑郁或者抗焦虑药物，解除心理障碍，重要的是要采取心理治疗，其方法一般是解释、安慰、疏导、分析、认识，积极暗示和情绪转移，让患者真正认识病情、主动调节情绪、消除思想顾虑，提高疾病治愈信心。在治疗过程中，关键在于取得与患者的高度信任与配合，必要时可进行相关的辅助检查，使患者确信无脏器疾病，并将本病起病原因、疾病性质及良好的预后告诉患者。
其次，应行各种有效的综合性治疗，包括按时治疗。一般治疗，除非患者一般情况很差，无需卧床休息，可适当的参加劳动和工作，生活要有规律，经常参加适当的文娱活动，饮食以少渣、易消化的食物为主，避免刺激性饮食和浓烈的调味品，神经性厌食患者需住院治疗，并逐渐培养正常的饮食习惯。
还应根据不同情况采取X线、内镜检查，胃液分析与粪便化验等手段，必要时我们还可以做超声、CT来排除一些其他的腹腔脏器病变。病情较严重的患者应配合药物治疗，如抗焦虑药物等，需要在医生的指导下服用。