萎缩性胃炎伴有肠化生在临床上是非常危险的疾病，因为有很大的概率转化为癌症，所以应该尽早进行治疗，可以通过中医中药来调治，常见的有柴胡疏肝散、枳术宽中胶囊，以及可以应用加味左金丸等中成药的来调治，改善胃肠道的相关功能，对于标本兼治有很大的疗效。
比较常见的肠胃康颗粒在临床上就可以应用，很适合对于胃络出现瘀阻导致的疼痛还有患者出现的大便颜色发黑等进行治疗。应用药物治疗萎缩性胃炎伴有肠化生，最好中药、西药一同进行应用，而且一定要规范治疗。