肺部烟曲霉菌感染可以临床治愈，烟曲霉菌是真菌中的一种，通常是条件致病菌，也就是有易患因素的患者，可能会伴有烟曲霉菌感染导致的肺部感染。抗真菌治疗可以完全彻底的控制烟曲霉菌感染导致的肺部感染，但是各种抗真菌的药最主要的是疗程比较长，有的患者要1-2个月，甚至要3个月以上。
烟曲霉菌病肺部感染的难点不在治疗，而是在及时发现。由于烟曲霉菌的诊断率低、痰检的检出率低，通常是组织学检查才能够确诊。因此，经常是为了诊断耽误了很多时间。一旦明确诊断，抗真菌治疗临床疗效很好，完全可以达到临床治愈。需要强调的是，烟曲霉菌导致的肺部感染通常都是和其他病原菌混合感染存在，只是别的感染控制了，烟曲霉菌没有得到及时的控制，可能会迁延，病程会延长。但一旦诊断明确，治疗及时、足疗程，基本上可以达到临床治愈。