上腔静脉血栓的消除，首先要明确其发生的原因，如果是由于良性肿瘤而导致的，应该进行肿瘤的切除，术中同时进行上腔静脉取栓术。如果是恶性肿瘤造成的，对恶性肿瘤要进行放疗和化疗，而对深静脉血栓采用抗凝治疗即可。
如果是其他原因造成的上腔静脉血栓，如糖尿病或者其他手术外伤而导致的，可以先安放上腔静脉滤器，之后再进行置管溶栓术，当然只限于急性期，上腔静脉安装滤器上一定要和家属详细沟通，上腔静脉安放滤器后并发症相对较多。
同时上腔静脉在溶栓过程中发生肺栓塞的几率较下腔静脉更多，对于上腔静脉血栓的溶栓一定要谨慎，如果溶栓禁忌症相对较多，可以给予单纯的抗凝治疗。