艾滋病毒感染潜伏期平均9年，可短至数月，最长可达15年。艾滋病毒感染以后经过急性期、无症状期，进入艾滋病期后会发生各种机会性感染、肿瘤。艾滋病常见的机会性感染和肿瘤有卡氏肺孢菌肺炎，是艾滋病阶段最常见的艾滋病指征性疾病，是最常见的威胁生命的机会性感染，症状有发热、盗汗、乏力、消瘦，逐渐出现胸骨后不适、干咳、气促、血氧分压及二氧化碳扩散效率减少，典型的胸片肺门周围间质性浸润，在痰液、气管灌洗液当中可以查出卡氏肺孢菌。最常见的机会性肿瘤是卡波西肉瘤，与人类疱疹病毒8型有关，多见于男同性恋和双性恋人群，可以发生在HIV感染的各个阶段，甚至在CD4T淋巴细胞水平较高时；结核病、念珠菌性食道炎、神经系统疾病、颅内占位性病变，主要包括弓形虫脑病、原发性淋巴瘤，脑脊液检查没有特异性发现；真菌性角膜炎、孢子丝菌病、带状疱疹、人乳头瘤状病毒感染以后所引起的尖锐湿疣等。