滴虫性阴道炎的主要治疗药物为硝基咪唑类药物，但是具体的药物选择以及药物的使用方法，是医生根据患者的病情综合评估之后，才可以选择的，要在医生的指导下进行治疗，滴虫阴道炎患者可同时存在尿道、尿道旁腺、前庭大腺等多部位滴虫感染。
治愈此病需全身用药并避免阴道冲洗，需要强调的是滴虫阴道炎主要由性行为传播，性伴侣应该同时进行治疗，并告知患者及性伴侣治愈前应避免无保护性性行为。由于滴虫阴道炎患者再感染率是比较高的，所以最初感染三个月内需要追踪复查，如果治疗失败，要积极进行再治疗。