扁桃体结石是因为扁桃体反复发炎，导致扁桃体上隐窝有大量脱落的细胞、白细胞、上皮组织、干酪物、食物残渣聚集，形成扁桃体结石。一般情况下，扁桃体结石随着炎症的消失也会消失，或者随着咀嚼、吞咽、咳嗽结石也会消失。
结石微小时，用生理盐水漱口，也会将结石漱出。如果结石较大无法取出时，可以试着自行取出，对着镜子张开口，用棉签、筷子、小勺柄等，轻轻压迫结石周围，可以将结石挤出，如果反复试取取不出，可以到医院请医生帮忙取出。
如果扁桃体炎较重且反复发作、经常产生结石，可以施行扁桃体切除术，彻底消除结石产生的根源。