生牡蛎和煅牡蛎的功效有不一样的地方，比如都是咸而微寒的特性，都归于肝经、胆经和肾经，生牡蛎就是平常用的牡蛎，有重镇安神、滋阴潜阳、软坚散结的功效。
临床经常用在失眠、心慌、心悸、眩晕、耳鸣、痰核、甲状腺的肿以及淋巴结的结核，也用于腹部和盆腔的包块，可以消症瘕。
煅牡蛎收敛固涩的作用更强，煅牡蛎用在收涩的作用上，比如用于盗汗、自汗、遗精、带下。煅牡蛎也有中和胃酸的作用，用于胃疼、呕吐、反酸的病症上。