三叉神经痛的原因至今尚未完全明确，周围性学说认为三叉神经痛的原因，是由于病变位于三叉神经半月神经节到脑桥间的部位，由于多种原因导致的压迫所致。
中枢穴学学说认为三叉神经痛是一种感觉性癫痫样发作，异常放电部位可能是在三叉神经脊束核，或脑干。三叉神经痛根据导致的原因，分为原发性三叉神经痛和继发性三叉神经痛。
原发性三叉神经痛一般是局限于三叉神经分布区域内，第二支或第三支的区域内发作性的剧烈样、电击样、针刺样、刀割样或撕裂样的疼痛，持续数秒或1-2分钟，突发突止，间歇期完全正常。
而继发性三叉神经痛，疼痛多为持续性，并伴有面部的感觉减退、角膜反射迟钝等等。常常见于多发性硬化、延髓空洞症，原发性或转移性颅底肿瘤等等。