闭经的治疗分为全身治疗和激素治疗，全身治疗占重要地位，包括积极治疗全身性疾病，提高机体体质，供给足够营养，保持标准体重，运动性闭经者应适当减少运动量，应激或精神刺激所致的闭经，应进行耐心的心理治疗，消除精神紧张和焦虑。
肿瘤、多囊卵巢综合征等引起的闭经应对因治疗，激素治疗明确病变环节及病因后给予相应的激素治疗，以补充体内激素不足或拮抗其过多，达到治疗的目的。性激素补充治疗的目的是维持女性全身健康及生殖健康，包括心血管系统、骨骼及骨代谢神经系统等，还有为了促进和维持第二性征和月经。