预防乙脑的主要措施有乙脑疫苗的预防接种，乙脑疫苗分为乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，接种对象是八个月以上儿童，和由非疫区进入疫区的儿童及成人。接种方法是在上臂外侧三角肌下缘附着处皮下注射，乙脑减毒活疫苗共接种两剂次，分别在儿童八月龄和两周岁各接种一剂次。乙脑灭活疫苗共接种四剂次，儿童八月龄接种两剂次，间隔7-10日，两周岁和六周岁各接种一剂次。
接种后的反应，灭活疫苗首次接种时不良反应很少，但复种时不良反应发生率较高，主要有头晕、荨麻疹、全身痒感等。减毒活疫苗不良反应发生率很低，主要包括局部反应和轻度全身反应。注意事项包括禁忌症，灭活疫苗除有过敏史不宜注射外，发热和其它急慢性疾病和有神经系统疾病，都不能接种。减毒活疫苗除上述禁忌症以外，有些免疫缺陷，近期进行免疫抑制剂治疗，或用过有关抑制免疫系统药物者都不能接种。