桥本氏甲减严重时主要产生的是甲状腺功能减退症，甲状腺功能减退症产生的严重程度与累及的脏器多少有一定关系。此病主要可以引起低代谢症候群，患者会出现记忆力减退、嗜睡、乏力、关节疼痛、体重增加，手掌、脚掌发黄等症状。女性患者可以出现月经紊乱，以月经量增多为其表现。还可发生甲减性肝脏损害、甲减性贫血，有些患者还可导致不孕不育症。
发生甲减时可以给予左甲状腺激素替代治疗，使其甲状腺激素水平与正常人一样。桥本氏甲减的发生因人而异，有些患者从抗体升高到发生甲减时间长短不一，有些患者3-5年，有些患者终身都没有出现甲状腺功能减退症的症状。在没有出现甲减的时候只需要跟踪观察，检查甲状腺球蛋白抗体以及甲状腺功能即可。