扁桃体发炎一般不影响核酸检测。核酸检测主要是针对新型冠状病毒感染所做的一种检测手段，扁桃体发炎最常见的致病菌是溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎球菌等革兰氏阳性菌，当然，个别的也可能是病毒感染所引发。对于新型冠状病毒感染，其核酸具有一定的特异性，所以普通的扁桃体发炎不影响核酸检测。
对于扁桃体发炎，最好选择敏感的抗生素来积极控制炎症，临床上比较常用的有青霉素类、头孢类、大环内酯类的抗生素，另外，要多喝水、清淡饮食，多吃一些含维生素C丰富的食物。