肛裂最常见的原因包括：
1、大便异常及肛管狭窄，肛裂最常见病因来源于外力的冲击和摩擦，长期便秘或腹泻使肛管皮肤受损，皮肤全层裂开，逐渐形成溃疡。外伤、手术瘢痕、先天性因素等原因造成肛管狭窄，也容易诱发肛裂。
2、解剖缺陷，肛门外括约肌在肛管前后形成三角形裂隙，对肛管缺乏足够的支持，容易撕裂。同时，肛管动脉在肛门前后分布比较薄弱，两个区域血供较差容易形成缺血性溃疡，影响愈合。肛管与直肠的90°角相延续，排便时肛管后壁承受压力最大，所以后正中线最易发生肛裂。
3、内括约肌痉挛，由于炎症刺激、粪便刺激以及外括约肌的暴露、异常情绪都可以引起肛门内括约肌张力增高，造成肛管静息压增高。此时肛门的顺应性较差，当干硬的粪便通过时容易产生裂口。