亚急性甲状腺炎包括亚急性肉芽肿性甲状腺炎，还有亚急性淋巴细胞性甲状腺炎。亚急性肉芽肿性甲状腺炎起病与病毒感染有关，多数患者起病前常有上呼吸道感染史，典型病例的病程包括甲亢期、甲减期和恢复期三期，起病往往急骤，大多数患者持续数周至数月后，症状逐渐缓解，甲状腺功能恢复正常。
亚急性淋巴细胞性甲状腺炎起病与自身免疫有关，甲状腺有大量淋巴细胞浸润，血浆中存在甲状腺过氧化物酶抗体，其临床表现多为甲亢，相关临床表现包括心律不齐、多汗、乏力、体重下降，但没有突眼和免疫性水肿，多数于数月后自动康复，少数会发展为永久性甲减。