微波治疗妇科疾病的危害，在于微波治疗可以破坏局部的组织，但是并不能取得病理结果。所以一般来讲，使用微波治疗宫颈病变时最好先了解宫颈的情况，比如在治疗之前要进行TCT和HPV的检查，必要的时候要进行阴道镜的检查。
通过检查证实宫颈不存在严重的疾病，特别是CIN2以上的情况，才可以进行微波的治疗。微波的治疗不能取得病理，如果有CIN2以上的病变，治疗后可能会加重病变的情况。所以在治疗之前一定完善各项检查，否则会对患者产生不利的影响，如果是宫颈癌，还可以促进癌的转移，掩盖病情。