子宫腺肌症和巧克力囊肿在临床上不是一回事，虽然两者都是子宫内膜异位症中的一种，但子宫腺肌症是异位症的病灶，异位在子宫肌层在临床上引起的月经过多、子宫增大、继发性痛经等，在临床上需要给予相应的治疗。而巧克力囊肿是因为子宫内膜异位症的病灶，异位在卵巢引起局部出血会形成囊肿，也可能会导致痛经引起不孕不育，两者在临床上都需要给予相应的治疗。巧克力囊肿建议积极的给予手术进行治疗，而子宫腺肌症根据病人具体的年龄再决定治疗方案，可以上曼月乐环治疗，也可以做手术给予治疗。