脑血栓属于头部的器质性病变，是急性的脑血管疾病，做核磁共振要做头部的。头部核磁共振可以弥补头CT在24小时内不能够发现病灶的缺点，而且对于脑梗的部位、脑梗的面积显示是非常清晰的，还能够区分患者脑内新发病灶和陈旧的病灶。但是需要注意的是，患者如果身体内有不能取出的金属物品，比如心脏的起搏器、金属的牙齿或者是骨折的钢钉等，就不能进行这项检查。
通过做磁共振，可以观察到患者病变的部位。还可以做磁共振血管造影的检查，明确患者血管内的病变情况，以了解患者脑血栓发病的机制及病因，指导临床选择药物的方式。所以，磁共振在脑血栓的诊断上占有着至关重要的地位。