食管平滑肌瘤一般是不会癌变的，癌变几率非常低。但是在诊断和鉴别诊断的过程中，跟食管平滑肌瘤比较像的疾病还是有一些的，就是长在食管的黏膜下层，产生实性的肿物的病，不只是食管平滑肌瘤，比如食管有食管淋巴瘤，有恶性黑色素瘤，食管里面也有神经系统的肿瘤，神经细胞来源的肿瘤，食管里面还有胃肠道间质肿瘤，就是GIST。
这些疾病跟食管平滑肌瘤不太一样，食管平滑肌瘤因为不是恶性的疾病，切除就可以认为是治愈了。但是鉴别的其它的疾病，有一些是交界恶性的，有一些是恶性的疾病，需要除了手术以外，除了活检的确诊以外，很多的全身治疗、放疗和局部治疗。