甲状腺囊肿是甲状腺一种良性肿瘤，其发生的原因主要有以下三个方面：
一、遗传，甲状腺囊肿是有遗传因素的，如家族中有甲状腺囊肿的患者，特别是多发的患者，则子带和亲代甲状腺囊肿发病的几率会有明显的提高。
二、饮食因素，如长期喜好时食入辛辣刺激、油炸、烧烤、高脂、高糖类的食物，以及频繁饮入含有酒精饮品的女性人群，其甲状腺囊肿发病的几率也会得到明显的提高。
三、环境的因素，主要是由于外界环境易受到X线或紫外线照射的女性人群，其甲状腺囊肿患病率也会明显提高。
四、女性甲状腺激素功能的紊乱，由于甲状腺激素功能紊乱，也会导致甲状腺囊肿的发病率得到明显的提高。