对于严重神经官能症的治疗要通过心理治疗、行为治疗，然后再给予患者药物治疗，患者自己也要调整生活习惯、睡眠习惯和饮食习惯。药物一般需要用以下几类，首先是调整睡眠的药物，有安定、思诺思等。其次还有5-羟色胺再摄取抑制剂、舍曲林、氟西汀、帕罗西汀、西酞普兰等药物，可以改善因为神经官能症造成的焦虑、恐惧症状、疑病症状、强迫症状等。
去甲肾上腺素再摄取抑制剂，比如文拉法辛、米氮平，可以改善神经官能症的躯体症状和睡眠症状。还有一部分患者可以用精神疾病的药物，包括喹硫平、阿立哌唑和奥氮平，可以改善精神症状。