甲状腺囊肿的治疗方法主要是根据其具体性质来决定的，如果囊肿是属于良性并且相对比较稳定，则不需要进行特殊处理，只要定期进行复查即可，可能在3-6个月左右之后就会自动吸收。
如果囊肿属于恶性，并且伴有逐渐变大，或者囊肿内有点状钙化等情况时，可能会造成患者出现呼吸困难等症状，需要通过穿刺抽液、手术切除、服用药物等方法来进行治疗。想要明确治疗方法，需要到医院进行检查确诊才能决定。如果是使用药物治疗，通常都是注射四环素、地塞米松等药物，或者是利用B超将囊肿内的液体抽取出来。因为手术创口大，还可能会留疤，所以并不常用。造成甲状腺囊肿的主要原因，是身体内缺碘，平时要尽可能多的食用含碘的盐，能够在一定程度上避免此类疾病的产生。