肝癌化疗的副作用和他本身所采用的化疗药物相关。一般来说，肝癌常用的化疗药物有氟尿嘧啶、羟基喜树碱等药物，而这些药物所产生的副作用基本上是以消化道症状为主，如恶心、呕吐、腹泻。还有一些肝癌患者会采用阿霉素这一类的药物，这类的药物主要反应就是心脏的毒性。其它也可能会有脱发、神经损害，以及手指麻木等这种情况的出现。另外，所有的药物都要经过肝脏的代谢，化疗药物可能也会引起肝功能的损害。