巧克力囊肿的病人如果是做的腹腔镜手术，需要住院5-7天的时间。如果做的是开腹手术，需要住院7-9天的时间才可以出院。出院以后一定要定期的复查，因为巧克力囊肿有可能复发，建议每半年做一次B超检查。如果出现不舒服，可以随时随地去医院给予检查。
如果是计划怀孕的病人，建议术后尽快准备怀孕，以免巧克力囊肿复发而引起不孕。另外，巧克力囊肿的病人如果没有计划怀孕，建议继续治疗，可以用达菲林治疗，也可以宫内上曼月乐环治疗，主要是预防复发的可能。