肠易激综合征起病隐匿，症状反复发作或慢性迁延，病程可长达数年至数十年，但全身健康状况却不受影响，精神、饮食等因素常诱使症状复发或加重。最主要的临床表现是腹痛或腹部不适，排便习惯和粪便性状的改变。几乎所有肠易激综合征的患者都有不同程度的腹痛或腹部不适，部位不定，以下腹和左下腹多见，排便或排气后缓解，极少有睡眠中痛醒者。
腹泻型肠易激综合征常排便较急，粪便呈糊状或稀水样，一般每日3-5次左右，少数严重发作期可达十余次，可带有黏液，但无脓血，部分患者腹泻与便秘交替发生。便秘型肠易激综合征常有排便困难、粪便干结、量少，呈羊粪状或细杆状，表面可附黏液，常伴腹胀、排便不尽感，部分患者同时有消化不良症状和失眠、焦虑、抑郁、头晕、头痛等精神症状。