大便太臭提示存在消化吸收不良以及菌群失调，食物在消化道中进行消化吸收，如果不能被完全消化吸收，会导致食物发酵，会产生很多有味的气体，包括含硫类的气体、甲烷类的气体等等。
再就是肠道如果菌群失调，一些产气的细菌过度繁殖，也会导致产生各类含硫、甲烷类的气体增加，会导致大便以及排出的气体味道比较重。患者有可能同时存在腹胀、嗳气、腹部隐痛等各种不适，可以分为器质性的原因和功能性的病因所造成，如慢性胰腺炎、胰腺的外分泌功能不全、消化酶分泌减少，就会导致肠道中食物不能被很好的消化吸收，很多油以及蛋白之类的成分在大便中会造成大便的味道比较臭。