999感冒灵的不良反应主要与具体成分有关，999感冒灵虽然是一种中成药，但是同时也含有西药的成分，比如含有马来酸氯苯那敏，所以可以引起头昏、嗜睡，以及乏力的症状，同时也可以引起口干、口渴和困倦的症状。
999感冒灵还含有咖啡因和对乙酰氨基酚，所以也可以引起明显的肝肾功能损害，特别是长期大量服用的情况下。另外，也有部分病人在服用999感冒灵的时候可以出现胃肠道的反应，比如恶心、呕吐，或者其他胃肠道不适等多种症状，因此需要在医生的严格指导下使用。