白塞病目前没有有效的根治方法，需要内科、眼科和皮肤科综合治疗。它的治疗分局部治疗和系统治疗。局部治疗，如果出现口腔溃疡，可以局部涂抹糖皮质激素或口腔溃疡糊膏剂减轻疼痛，促进溃疡愈合。生殖器溃疡先用高锰酸钾溶液清洗，再涂以抗生素软膏。眼色素膜炎急性发作时，用各种散剂滴眼预防色素膜炎症候的粘连，并用0.5%可的松滴眼。
炎症严重时，球结膜下注射地塞米松可减轻炎症渗出。当白塞病造成眼、血管、神经、胃肠道等重要脏器损害时，需要积极的应用药物治疗。首先，是糖皮质激素。糖皮质激素能缓解血管炎症，但是作用短暂，常需要同免疫抑制剂联合用药，一般用泼尼松每千克体重每天1mg。
当出现大动脉炎视力急剧下降、白塞病脑病等情况时，可选用甲强龙冲击治疗。免疫抑制剂是治疗白塞病的主要药物，当重要脏器受损时可以考虑首选。环孢素A起效快，一般初始剂量是每天5mg/kg，根据临床效果和不良反应调整用量。环
磷酰胺可单用或者同环孢素A合用，通常是每月1.0g静脉冲击治疗。病情危重时，可在密切监测外周血白细胞的情况下，每隔2-3周冲击一次，应该注意的是白细胞不要少于3×10＾9/L。
其它免抑制剂还有硫唑嘌呤、甲氨蝶呤等。其它治疗包括α干扰素，可以治疗口腔损害皮肤病及关节症状；雷公藤对口腔溃疡、皮下结节、关节病、咽炎有肯定的疗效。