百日咳的治疗，对症疗法主要是保持环境的安静，避免刺激和哭泣，注意营养，加强护理。咳嗽比较剧烈的时候，适当使用苯巴比妥以及安定镇静，可以给予痰易净、氯化铵这些祛痰的药物，或者使用雾化吸入治疗。比较严重的婴幼儿患者可以短程，比如5天左右使用强的松，每天每公斤体重1-2mg的剂量。抗生素要及早的使用，可以缩短病程，减轻症状。首选红霉素，每天每公斤体重30-50mg，可以口服7-10天，也可以使用氯霉素、复方新诺明。对于中药，早期为痰热内蕴，可使用加味华盖散；中期为痰热阻肺，可使用百部煎剂加减，中成药可使用百咳宁。