睾丸附睾炎是男性生殖系统非常常见的一种感染性病变，由于睾丸附睾的实质部位和血管循环系统，存在天然的保护性屏障，叫做血睾屏障。因此，睾丸附睾炎在临床治疗上药品，往往难以通过血管壁以及血睾屏障，而达包睾丸附睾的实质部位。所以睾丸附睾炎的抗生素治疗效果往往难度很大，治疗效果不理想，治疗的速度会比较慢。
在临床上采用的治疗方法，以静脉输液为主，常用药品包括喹诺酮类抗生素，或氨基糖苷类抗生素。除此而外，还可以配合口服药物，比如迈之灵，这一类可以改善、活化血管功能的植物类制剂。当然，也可以配合使用癃闭舒、前列舒通、癃清片等活血散瘀的中成药，也可以达到有效的辅助治疗效果。