对于肠淋巴结发炎的患者，首先应当选用针对革兰氏阴性杆菌敏感的抗菌药物，如第三代头孢菌素联合厌氧菌药物，常用的有头孢曲松联合甲壳素，经济实惠又便宜。同时对于肠淋巴结炎出现明显腹痛的患者，还可以考虑给予解痉治疗，常用的口服药有山莨菪碱。
而静脉应用的药物有654-2或者间苯三酚，间苯三酚较为昂贵，但是一般不会出现654-2和山莨菪碱引起的心悸以及口干的症状。而对于腹泻患者，还可以考虑口服蒙脱石散减轻局部的症状。对于腹泻较为严重的患者，还应当及时的补液，纠正水电解质平衡的紊乱。
对于腹痛严重的患者，必要时不能排除腹腔内其他炎症性的疾病，出现了腹膜刺激征，这种情况下还具有开腹探查的指征。日常生活中应当避免进食高脂、油腻、辛辣等刺激性食物，饮食应当注意规律和卫生，避免暴饮暴食。