肠毛滴虫全年散发，以夏天、秋季为多，起病可以缓慢，也可以急。病程有几个小时至二十余年不等，主要症状为腹泻，稀糊一样的便，可有粘液，但是脓血便比较少见。每天数次或者十余次，伴有恶心、呕吐、腹痛、腹胀、食欲减退等。大约有1/5的患者会有中到低度的发烧，高热是比较少见的，少数患者会有腹泻和便秘的交替现象。人体的滴虫寄生在胆道时，可以引起右上腹部的阵发性的疼痛，有恶心、呕吐、发热和血象白细胞计数的增高等。