松果体囊肿在神经外科临床上相对比较常见，通常认为是先天性囊肿，大部分都表现为静止状态。如果松果体囊肿并没有引起很明显的占位效应，特别是没有引起梗阻性脑积水，其不需要做相应手术治疗。
如果松果体囊肿增大引起相应的临床症状，如颅内压增高、头疼、呕吐，也可出现视力减退、外展神经麻痹、眼球不能上视、听力障碍、步态不稳、协调动作迟缓、尿崩症，这时可以行手术治疗。