子宫腺肌症的病因至今尚未明确，但拥有下面几种情况可能会是得子宫腺肌症的原因。
当女性发生多次妊娠、多次分娩或者因为子宫手术操作不当而造成的对子宫肌壁的损伤，会使得正常部位的子宫内膜向肌层生长，从而引起子宫腺肌症。
另外，患者患有子宫的炎症，例如子宫内膜炎会破坏子宫肌层的防御能力，造成子宫肌壁的损伤导致子宫内膜向肌层生长，从而使患者患有子宫腺肌症的几率增加。
患者的卵巢功能失调会使雌性激素增高，通过高水平雌激素的刺激从而导致子宫内膜增生过快，使得患者基底层子宫内膜侵入肌层，所以子宫腺肌症也与卵巢功能失调存在着密切的关系。