中药瓜蒌籽的副作用主要是药性偏寒，非常容易损伤人体的脾胃，而造成脾胃功能减弱出现消化不良、恶心、呕吐、腹泻，甚至胃痛、腹胀等等一系列的相关副作用，临床上可以在医生的指导下合理应用以减缓其副作用。
另外瓜蒌子也会诱发患者出现过敏、心慌、胸闷等等一系列的相关情况，合理的应用瓜蒌子对治疗身体的疾病很有益处，可以清肺化痰、滑肠通便，对于呼吸系统的疾病，还有便秘都可以进行辅助调治。
在医生的指导下最好配合相关的中药煮成汤剂，治疗起来相关的疗效和副作用可以降到最小。