怀孕流血有褐色分泌物，有可能是宫外孕，还有可能是宫内孕的先兆流产。在怀孕早期很多女性都会出现轻微的阴道流血，出现这种情况建议做详细的检查明确。
需要抽血化验HCG和孕酮，如果HCG升高证实怀孕。另外，如果HCG间隔2-3天出现翻倍，那么宫外孕的可能性比较小。要结合彩超的情况，建议做盆腔三维彩超检查，如果发现宫内有妊娠囊以及卵黄囊，可以确定是宫内孕，这时出现褐色分泌物，一般是先兆流产的表现，建议口服地屈孕酮片进行保胎。如果发现附件区有异常回声的包块，考虑是宫外孕，需要住院进行治疗，还需要看宫颈是否正常，如果有宫颈息肉也会出现褐色的分泌物。