百日咳是根据典型的临床经合期的表现，和实验室检查可以查出来的。经合期的表现为阵发痉挛性的咳嗽，咳嗽发生一种特殊的高音调，鸡啼样吸气性吼声，俗称回勾，然后又发生一次痉咳，反复多次，直至咳出大量黏稠痰液，同时伴有呕吐、眼睑浮肿、球结膜出血，及舌系带溃疡等症状，一般持续2-6周，可长达两个月以上，实验室的检查分为以下几种：
第一、血常规，早期外周血白细胞计数升高，经合期最为明显，常为（20-50）×10^9/L，其中以淋巴细胞为主，一般大约60%，亦可高达90%。
第二、细菌型的检查，其中包括：1、细菌培养，发病第一周可高达90%左右，以后逐渐降低，直至四周阳性率仅为2%。2、单克隆抗体菌落印迹试验，此方法快捷，48小时可出结果，敏感性较高可用于早期诊断。3、荧光抗体法，早期阳性率达75%-85%，可协助诊断，但要注意有假阳性。
第三、血清学检查，主要是采两份血清，急性期和恢复期。主要用于回顾性诊断和不典型病例的辅助诊断，酶联免疫吸附试验，可以测定百日咳特异性，IgM、IgG、IgA抗体，作为早期诊断的依据，对细均培养阴性者更有意义。
第四、分子生物学检测，用PCR检查患者鼻咽分泌物，百日咳杆菌DNA具有快速敏感特异性的诊断价值。
第五、嘌呤环化酶活性检测，此方法最大的优点是快捷且阳性率高，用于早期诊断有较大的前途。