高原反应能否留下后遗症，要具体分析。高原肺水肿，只要及时诊断处理，不会出现后遗症，且治愈后绝大多数人能继续在高原工作。高原血压异常者返回平原后无需治疗血压即可恢复正常，也不会出现后遗症。高原心脏病、高原红细胞增多症、高原昏迷等症，多数也能够治愈。
重症高原心脏病患者转低地后，病情虽有不同程度的恢复，然而部分患者心脏扩大且不易恢复；高原红细胞增多症患者合并有高血压、高原性心脏病、脑出血和脑血栓时，则会遗留心功能减退、脑功能减退、肢体及语言障碍等后遗症。
极个别高原昏迷重症病例，由于脑细胞损害较重，或发生了脑出血，治愈后可以遗留视力模糊、记忆力减退等症状。