肛门囊肿要看囊肿的位置、距离肛门的远近，如果距离肛门比较远，而且直径比较小，考虑是局部感染，只要门诊手术切开引流就可以。费用比较低，大概几百到1000左右。但是如果囊肿直径比较大，距离肛门也比较近，这种情况是需要住院的。住院以后，在麻醉下探查囊肿与肛门是否相通，是否有内口感染，是否肛周脓肿，要和肛周脓肿区别开来，这样手术费用是比较高的，大概需5000、6000块钱。但是每一级医院的水平不一样，费用也会有所差别。